تتولى دائرة التسجيل النظر في طلبات الانضمام إلى عضوية المركز من قبل الشركات المساهمة العامة والوسطاء وأمناء الحفظ، والتأكد من اكتمال الوثائق والمستندات اللازمة من اجل انضمام الاعضاء، كما تقوم بتسجيل الأوراق المالية وفتح الحسابات اللازمة لذلك على أنظمة المركز الإلكترونية، وتنفيذ إجراءات إيداع الأوراق المالية لدى المركز، وتنفيذ إجراءات الشركات للأوراق المالية المودعة، وتقسم الدائرة الى قسمين: قسم الأعضاء، وقسم الأوراق المالية.

تتولى دائرة العمليات تنفيذ عملية التقاص والتسوية لعقود التداول المنفذة في البورصة والتي تتمثل في نقل ملكية الأوراق المالية وتسوية أثمانها، وتثبيت ورفع قيود الملكية (رهن، حجز وتجميد) على الاوراق المالية المودعة، وتقسم الدائرة الى قسمين: قسم التقاص والتسوية، وقسم قيود الملكية.

تتولى دائرة شؤون المستثمرين إتمام عمليات نقل ملكية الاوراق المالية في التحويلات المستثناة من التداول وفي التحويلات على الاوراق المالية غير المتداولة في السوق وادارة وتنظيم علاقة المركز مع الجمهور وتنفيذ جميع العمليات المرتبطة به من حيث إصدار إشعارات ملكية الأوراق المالية المودعة وكشوف حسابات الأوراق المالية للمستثمرين إضافة الى تقديم خدمات تحديث البيانات والاشتراك بالخدمات الالكترونية واستقبال واجابة جميع استفسارات الجمهور، وتقسم الدائرة الى قسمين: قسم التحويلات وقسم خدمات المستثمرين.

تتولى الدائرة الإدارية والمالية كافة الشؤون المتعلقة بالموارد البشرية والشؤون المالية للمركز، اضافة الى توفير الخدمات الإدارية المساندة اللازمة لعمل المركز وتنظيمه، وتقسم الدائرة الى ثلاثة اقسام هي: قسم الموارد البشرية، وقسم الشؤون المالية، وقسم الخدمات الإدارية المساندة والتي تتضمن شعبة المشتريات واللوازم، وشعبة الديوان، وشعبة الحركة.

تعنى الدائرة القانونية بتقديم الاستشارات والدراسات القانونية، واعداد مشاريع القوانين والانظمة والتعليمات وتقديم التوصيات بشأن التعديلات اللازمة لها ومتابعة اقرارها، كما تتولى اعداد الاتفاقيات والعقود ومذكرات التفاهم التي يعقدها المركز مع الغير، ومتابعة الشؤون القانونية بما في ذلك اعتماد الوثائق والمستندات وفقا لأحكام التشريعات النافذة، ومتابعة القضايا المتعلقة بالمركز وتقسم الدائرة الى قسمين قسم الدراسات والاستشارات القانونية وقسم المتابعة والتنفيذ.

تتولى دائرة الابحاث اجراء الدراسات والابحاث وتوفير المعلومات والبيانات والاحصاءات ذات العلاقة بأعمال المركز، كما تتولى متابعة علاقات المركز بالمؤسسات الخارجية ومراكز الايداع الاخرى وتنمية علاقات التعاون معهم، كما تعمل الدائرة على تطوير الهيكل التنظيمي والبنية التنظيمية وإعداد وتطوير الخطة الاستراتيجية للمركز وإعداد الخطة السنوية للتطوير المؤسسي وتوثيق العمليات والاجراءات والخدمات، كما تعمل على وضع منهجية خاصة بإدارة المعرفة وتطبيقها، وتقسم الدائرة إلى قسمين: قسم الدراسات والعلاقات الخارجية، وقسم التطوير المؤسسي.

تتولى دائرة تكنولوجيا المعلومات توفير مهام إدارة وصيانة وتطوير الأنظمة وقواعد البيانات والبرمجيات، وشبكات الاتصال الداخلية والخارجية، اضافة الى توفير خدمات الدعم الفني لدوائر المركز وكافة أعضاء المركز من شركات مساهمة عامة ووسطاء وأمناء حفظ،  وتقسم الدائرة الى قسمين: قسم الأنظمة وقواعد البيانات وقسم الاتصالات والدعم الفني.

تتولى دائرة تطوير الأنظمة والخدمات الالكترونية مهام تطوير وبرمجة نظام المركز الالكتروني (SCORPIO) وأنظمته الفرعية وكذلك الأنظمة المساندة للمركز والخدمات والتطبيقات الالكترونية والموقع الالكتروني الخاص بالمركز إضافة الى اعداد الدراسات الفتية اللازمة لتطبيقات الأنظمة والخدمات الالكترونية واتمام إجراءات وعمليات الفحص اللازمة لضمان ضبط الجودة, وتقسم الدائرة الى قسمين: قسم نظم المعلومات والخدمات الالكترونية وقسم البحوث وضبط الجودة.

تُعنى وحدة إدارة المخاطر بإعداد وتطوير سياسات وإجراءات إدارة المخاطر المتعلقة بكافة شؤون المركز، سواء كانت مالية أو إدارية أو عملية أو فنية أو معلوماتية، وتحديد آليات متابعة تطبيقها. كما تقوم بوضع إجراءات لمنح صلاحيات استخدام جميع الأنظمة والتطبيقات الإلكترونية المستخدمة في المركز، وتقوم بمراجعة الصلاحيات الممنوحة لكافة المستخدمين بشكل دوري وفقًا للمتطلبات الوظيفية. وبالإضافة إلى ذلك، تعتني بوضع وتطبيق نظام أمان المعلومات الذي يحدد الضوابط الفنية والمادية والإجرائية.

تتولى دائرة التدقيق الداخلي مهمة التحقق من أن الاعمال والإجراءات التي تقوم بها دوائر المركز قد تمت وفق الضوابط والاطر القانونية الناظمة وفقاً للقوانين والانظمة والتعليمات النافذة، وتقسم الدائرة إلى قسمين: قسم التدقيق الإداري والمالي، وقسم التدقيق الفني.