تتولى دائرة التدقيق الداخلي مهمة التحقق من أن الاعمال والإجراءات التي تقوم بها دوائر المركز قد تمت وفق الضوابط والاطر القانونية الناظمة وفقاً للقوانين والانظمة والتعليمات النافذة، وتقسم الدائرة إلى قسمين: قسم التدقيق الإداري والمالي، وقسم التدقيق الفني.
