تُعنى وحدة إدارة المخاطر بإعداد وتطوير سياسات وإجراءات إدارة المخاطر المتعلقة بكافة شؤون المركز، سواء كانت مالية أو إدارية أو عملية أو فنية أو معلوماتية، وتحديد آليات متابعة تطبيقها. كما تقوم بوضع إجراءات لمنح صلاحيات استخدام جميع الأنظمة والتطبيقات الإلكترونية المستخدمة في المركز، وتقوم بمراجعة الصلاحيات الممنوحة لكافة المستخدمين بشكل دوري وفقًا للمتطلبات الوظيفية. وبالإضافة إلى ذلك، تعتني بوضع وتطبيق نظام أمان المعلومات الذي يحدد الضوابط الفنية والمادية والإجرائية.