تشمل المرحلة الخامسة إيداع الأوراق المالية لدى المركز وتطبيق مبدأ التسليم مقابل الدفع، بحيث يتم تسليم الأوراق المالية المباعة لتسوية عقود التداول المنفذة لدى البورصة مقابل تسديد أثمانها.

بعد ان تم تزويد المركز بنسخ عن سجلات مالكي الأوراق المالية من الشركات المساهمة العامة وفق مواصفات محددة وبعد ان تم إخضاع هذه السجلات الى إجراءات التحقق والتدقيق من قبل المركز، استكمل المركز إجراءات نقل سجلات مساهمي الشركات المساهمة العامة وإيداع الجزء الموثق منها لديه اعتباراً من 2004/12/31 وذلك بالاستناد الى قرار مجلس مفوضي هيئة الأوراق المالية وقرار مجلس إدارة المركز.

وقد تمت عملية إيداع السجلات وفق إجراءات محددة لضمان حقوق جميع الأطراف المعنية وعلى مرحلتين، حيث تم في المرحلة الاولى تزويد الشركات المساهمة العامة بنسخ عن سجلات مساهميها وتم الطلب منها تدقيق بيانات هذه السجلات، ومن ثم تم في المرحلة الثانية تزويدها بسجلات نهائية كما في 2004/12/31 تتضمن السجلات المودعة وغير المودعة، علماً بانه لم يتم إيداع سوى المساهمين الموثقين والتي تتطابق بياناتهم مع قاعدة بيانات المركز.
وأصبح سجل المساهمين يقسم إلى سجل مودع من مسؤولية المركز بحيث تكون قيود وسجلات المركز هي البينة القانونية على ملكية الأوراق المالية المودعة وفقاً لأحكام قانون الأوراق المالية، وسجل غير مودع من مسؤولية الشركة المساهمة العامة بحيث تعمل الشركات على استكمال إجراءات إيداع الأوراق المالية غير المودعة، وتزويد المركز بالمعلومات والبيانات الضرورية.

قام المركز بتطبيـق مبدأ مسـك الحسـابات (Account Level) اعتباراً من 2003/09/01 حيث يقوم الوسيط بنقل الأوراق المالية العائدة لعميله إلى حساب ذلك العميل لديه، مما يمكن الوسيط من التأكد من ملكية عميله للأوراق المالية وكفاية رصيده لإتمام عملية البيع.

التقاص والتسوية

قام المركز اعتبارا من 2005/1/2 بتطبيق إجراءات التقاص والتسوية النهائية على أساس التسليم مقابل الدفع حيث يعد هذا المبدأ احد أهم المعايير المطبقة في أسواق رأس المال بحيث لا يتم تسليم الورقة المالية المباعة الا بعد سداد ثمنها، و يتم إجراء التسويات المالية بين الوسطاء من خلال المركز وبموجب تحويلات مالية بين حسابات الوسطاء وحساب التسوية العائد للمركز حيث تم اعتماد البنك المركزي الأردني بنكا للتسوية.